Кілька епідемій чуми охопили Мальту з середньовіччя до 1945 року, забравши майже 20 000 жертв принаймні за десять епідемій протягом 350 років. Після перших епідемій були введені профілактичні заходи, був відкритий лазарет, який видавав патенти на незараження суднам, що курсують Середземним морем .
Епідемії до 1530 року
Перша епідемія чуми на Мальті могла статися наприкінці 13 століття, а на цвинтарі в Рабаті, Гозо, могли бути залишки жертв цієї чуми. Пандемія « Чорної смерті» поширилася по всій Європі, починаючи з жовтня 1347 р., коли генуезький корабель привіз чуму до Мессіни на Сицилії. Вважається, що пандемія досягла Мальти в 1348 році через тісні економічні та морські відносини між двома островами.
Відомо, що інші епідемії чуми мали місце в 1427–28, 1453, 1501, 1519 роках та 1523 рр. В останньому хвороба була занесена захопленим галеоном. Коли хворобу виявили, муніципальна влада Мдіни спробувала ізолювати екіпаж, занурити судно і спалити його вантаж. Його власники відмовились, і корабель був спалений. Незважаючи на це, у місті Біргу спалахнула чума, і поселення було відгороджене та ізольоване від решти країни.
Також мали місце епідемії інших хвороб, крім чуми у період з 1453 по листопад 1455 р.
Епідемія 1592—1593 років
Ця епідемія — перша, що була документально зафіксована на Мальті. Чумою були заражені люди на кораблі, що прибув з єгипетської Александрії. Вона спричинила близько 3300 жертв, що становило понад 12 % від загальної кількості населення архіпелагу того часу. Це спонукало до більш ефективних карантинних заходів.
Спалах 1623 року
Хвороба вибухнула в будинку Паоло Еміліо Рамуччі, охоронця порту Мальти. Потім хвороба швидко поширилася на навколишні будинки. Влада швидко ізолювала заражених і вжила карантинних заходів. Епідемію швидко припинили, але все одно спричинила смерть 40 людей.
Придбання лазарета
Лише в 1643 році Мальта придбала лазарет, встановлений на острові затоки Марсамшет. Його діяльність швидко стала дуже ефективною і зробила Мальту одним з найбезпечніших портів Середземномор'я. Відтепер мальтійська ліцензія на незараження, видана після карантину, який контролюється органами охорони здоров'я, є однією з найшанованіших. Це дозволяє кораблям мати можливість висаджуватися безпосередньо в портах Західної Європи.
Спалах 1655 року
Чергова епідемія розпочалася у вересні 1655 року в будинку біля «Порта-Маджоре» (сьогодні «Ворота Вікторії»), розташованого поблизу кораблів, що прямували з Леванта. Власник контактував із членом екіпажу зараженого судна і заразив чумою свою сестру, що мешкала в Ейтуні. Коли хвороба поширилася на інших членів сім'ї, влада негайно вжила карантинних заходів, ізолюючи людей, які контактували. Швидко взяли під контроль близько сотні пацієнтів, 52 з яких вижили завдяки ефективній медичній допомозі.
Епідемія 1675—1676 років
Ця четверта епідемія невідомого походження є найсмертоноснішою з відомих на Мальті. В результаті загинуло 11тисяч 300 осіб приблизно чверть мальтійського населення і навіть більше в районі Гранд-Харбор. Допомога французьких лікарів та хірургів з Марселя виявиться дуже корисною.
Епідемія 1813—1814 років
Ця епідемія, перша за часів британської адміністрації, була перенесена на кораблі з Олександрії. Хвороба привела до розорення в сільській місцевості, і, зокрема, міста ház-Zebbug і Годуй, де загинуло близько 15 % жителів. Пізні заходи врешті-решт покладуть край напасті, яка ненадовго досягає Гоцо в кінці епідемії.
У період з квітня 1813 по вересень 1814 року в результаті епідемії загинуло 4668 жителів Мальти, із загальною смертністю від 4 до 6 %.
Спалах 1917 року
Невелика епідемія чуми уразила 8 докерів у Гранд-Харборі в 1917 році, 4 людини загинули між 2 березня і 2 квітня 1917 року Хвороба виникла через відкриття скриньки з Месопотамії, де вирувала епідемія.
Спалах 1936—1937 років
У 1936 році в Кормі почалася чума з сім'ї пекарів з вулиці Рафаелла. Дідусь помер першим 8 квітня. Його 42-річний син помер 13 квітня. 20-річного онука перевели в лазарет і врятували. Походження залишається незрозумілим, можливо, з тюків сіна та соломки, ввезених з Тунісу. Загалом у Кормі за 13 місяців епідемії постраждають вісім людей, чотири з яких загинуть. Бар'єр для здоров'я навколо встановлений, але виявляється неефективним. Незабаром чума поширюється на сусіднє село Еббунь, де одинадцять людей померли, у тому числі дівчинка 7 років. Захворювання було також в Рабаті, Marsa, Аттард, Моста і, можливо, Гозо. Чума триває до 1937 року.
Значні дослідження були проведені Фемістоклом Заммітом, який зумів виділити культури чумних паличок від 15 з 1500 досліджених щурів. Він виявляє, що головним переносчиком є Чорний Щур (Rattus rattus), досить недавно встановлений на Мальтійських островах, чиє поширення змусило його зайняти місце колишнього місцевого, коричневого щура (Rattus norvegicus).